A Bakonyi Természettudományi Múzeum 1972-ben, hazánk egyetlen vidéki természettudományi szakmúzeumaként jött létre Zircen. Első húsz évében a Veszprém Megyei Múzeumi Igazgatóság kötelékébe tartozott, majd 20 év önállóság után, 2013-ban a Magyar Természettudományi Múzeum tagintézménye lett. Feladata a Bakony hegység természettudományos kutatása (földtan, őslénytan, növény- és állattan), a gyűjtött anyag őrzése, tudományos feldolgozása és bemutatása, a tudományos eredmények közzé tétele. Gyűjtőterülete a természetföldrajzi értelemben vett Bakony-vidék, így gyűjtéseit 5 megye területén végzi.
Létrejöttét az 1962-ben indult „A Bakony természeti képe” kutatóprogram alapozta meg. A több évtizedes kutatás és gyűjtés eredményeként összegyűlt tudás és gyűjteményi anyag tette lehetővé a Bakony természeti értékeit bemutató állandó kiállítás létrehozását, mely a zirci Ciszterci Apátság első emeletén található és több egységből áll.
„A Bakony természeti képe” kiállítás élethű diorámákkal mutatja be a Bakony különböző élőhely-típusainak növény- és állatvilágát. „A természet ékszerei” kiállításban a Bakony, Magyarország és a Kárpát-medence ásványai láthatók. A „Jégkorszaki óriások a Bakonyban” című tárlat fő szenzációja a Csajág határában megtalált két mamut csontváza. Múzeumunk 2006-ban ajándékozás útján jelentős trófeagyűjteményhez jutott. Ezekből az anyagokból jött létre a „dr. Bativai-Schüle Imre János trófeakiállítás”.
A kiállított élőlények nevei nem csak magyarul, hanem németül és angolul is szerepelnek.
Fennállása óta a természetrajzi tárlatokat több mint 3 millió hazai és külföldi látogató kereste fel.
A múzeum az állandó kiállítások mellett számos időszaki- és vándorkiállítást szervez, erdei iskolai és múzeumpedagógiai foglalkozásokat tart. Azonban a múzeum nem csak ismeretterjesztéssel foglalkozik, hanem kutatási és gyűjteményezési feladata is van. Ezek egyike a több mint félszáz éve működő Bakony-kutatás szakmai koordinálása. Az intézményben jelentősek a természetvédelmi célú kutatások, melyek elismeréseként az intézmény 2002-ben Pro Natura-díjban részesült.
A kutatások során elért eredmények részben az intézmény saját kiadványaiban látnak napvilágot. Az 1982-ben alapított Bakonyi Természettudományi Múzeum Közleményeiből (Folia Musei historico-naturalis Bakonyiensis) eddig 35 kötet jelent meg. A Bakony Természettudományi Kutatásának Eredményei monográfia sorozatból pedig ez idáig 34 került kiadásra.
A múzeum jelentős, mintegy fél milliós gyűjteménnyel rendelkezik. A legnagyobb gyűjtemény a rovargyűjtemény, a legnagyobb múlttal pedig a geológiai gyűjtemény büszkélkedhet. Ezen kívül még sokrétű botanikai és zoológiai gyűjteményeket őrzünk raktárainkban. A kutatói munkát a múzeum 28 000 darabos szakkönyvtára segíti.
A múzeum erkölcsi és anyagi támogatásában nyújt kiemelkedő segítséget az 1987-ben létrejött, Herman Ottó-díjas közhasznú egyesület, a Bakonyi Természettudományi Múzeum Baráti Köre. Az intézmény közművelődési és természetvédelmi munkáját több díjjal jutalmazták, 2009-ben a településért végzett tevékenységéért Zirc város oklevelét vehette át.
A Bakonyi Természettudományi Múzeum története
Az 1972-es alapítású Bakonyi Természettudományi Múzeum előtörténete és jogelőd intézményétől származó legrégibb gyűjteménye jóval korábbra, a XIX-XX. század fordulójára nyúlik vissza. Ebben az időszakban figyeltek fel először a Balaton hinarasodására, s ennek kapcsán létrejött egy olyan tudományos testület, mely feladatául tűzte ki a Balaton-környék természet- és társadalomtudományi feltárását. Az elvégzett kutatások eredményeit egy 13 kötetes monográfiasorozatban publikálták (Balaton-monográfia), miáltal a Balaton-környék Európa legjobban kutatott kistájává vált. A munkában részt vett Laczkó Dezső piarista tanár, geológus, az 1902-ben alapított Veszprém Vármegyei Múzeum és Könyvtár első igazgatója is. Geológiai gyűjteménye volt a vármegyei múzeum első természettudományos gyűjteménye.
A II. világháborút követően a Vármegyei Múzeum és Könyvtár szétvált, utóbbiból fejlődött ki a mai Eötvös Károly Megyei Könyvtár. A közös intézmény könyvtárát a szakterületnek megfelelően osztották szét a két utódintézmény között.
Az ötvenes években ismét volt természettudományos muzeológusa az intézménynek, aki az egykori Balaton-kutatás mintájára 1962-ben megszervezte a Bakony természeti képe kutatóprogramot. Ennek lényege: külső munkatársak (tudományos kutatók, amatőrök) bevonásával gyorsítani, szélesíteni lehet a kutatásokat, megsokszorozva annak hatékonyságát. Az új tudományszervezési modell hatékonynak bizonyult, a kutatások fellendülésével olyan mennyiségű természettudományos gyűjteményi anyag jött létre, mely szétfeszítette a veszprémi Bakonyi Múzeum Természettudományi Osztályának kereteit s elvezetett a Veszprém Megyei Múzeumi Igazgatóságon belül működő Bakonyi Természettudományi Múzeum megalakulásához. A múzeumnak Zircen, az akkor állami tulajdonban levő egykori Ciszterci Apátság épületében találtak helyet. Ott az ötvenes évektől működött egy kis helytörténeti kiállítás, ennek integrálásával, majd fokozatos megszüntetésével nyert teret a Bakony természeti értékeit bemutató kiállítás. Az alapítást követően a múzeum szakembergárdája fokozatosan növekedett, ezzel együtt nőttek a gyűjtemények is. A kiállítás többszöri felújítás, átépítés mellett egy emelettel lejjebb költözött, s teljesen megújult. A barokk épületegyüttes az 1990-es évek elején visszakerült jogos tulajdonosa, a Ciszterci Rend birtokába. Időközben a kiállítás bővülésével és a gyűjtemények gyarapodásával kicsi lett a hely az apátsági épületben, ezért a Rákóczi tér másik részén a megyei önkormányzat megvásárolt két épületet, amelyben a gyűjtemények és a dolgozók munkaszobái kerültek elhelyezésre.