Az 1962. október 9-én megtartott tudományos értekezleten, a Bakonyi Múzeumban indult útjára „A Bakony természeti képe” kutatóprogram. A tervezetet dr. Papp Jenő, a múzeum zoológusa készítette a Bakony természettudományos feltárásának fellendítésére. Az értekezletre meghívták a Bakonyt bármilyen természettudományi vonatkozásban kutató intézményeket és magánkutatókat, melyek közül 43-an vettek részt a megbeszélésen. A kutatási tervet Éri István megyei múzeumigazgató is támogatta és reményét fejezte ki, hogy más tudományterületek kutatásához hasonlóan a természettudományos kutatások is nagy lendületet vesznek.
A programnak mintául szolgált az id. Lóczy Lajos által szervezett Balaton-kutatás, melynek eredményeiből születtek 19. század végén és a 20. század elején megjelenő Balaton Monográfia kötetei. A Bakony-kutatás olyan alapkutatás, amely során a kutatók csak a szoros értelemben vett természettudományi témákkal foglalkoznak. A kutatások eredményei kezdetben „ A Veszprém Megyei Múzeumok Közleményei”-ben jelentek meg. 1964-ben indult útjára „A Bakony természettudományi kutatásának eredményei” sorozat, melynek kötetei egy-egy szakterület önálló monografikus feldolgozását tartalmazzák. A program szervezését dr. Papp Jenő 1970-ig végezte, mivel ezt követően a budapesti Természettudományi Múzeum munkatársaként tevékenykedett. A múzeum új zoológusa dr. Tóth Sándor lett, aki ezután több mint 20 évig koordinálta a Bakony-kutatást.
A program sikere, a múzeum természettudományos gyűjteményeinek jelentős gyarapodása vezetett ahhoz, hogy 1972-ben a vidéki múzeumi hálózatban egyedülálló módon, önálló természettudományi múzeumot létesítsenek. Az új intézmény Bakonyi Természettudományi Múzeum néven, Zircen, a Ciszterci Apátság épületében kapott helyet, és ettől kezdve a múzeum keretein belül folyt a Bakony-kutatás koordinálása is. A múzeum igazgatója dr. Tóth Sándor lett. A Bakonyban folyó tudományos kutatás szervezetileg két fő részre osztható, a múzeum szakemberei munkaköri feladatként, míg a program résztvevői túlnyomórészt önkéntes alapon, érdeklődési körüknek megfelelően végzik vizsgálataikat. A vállalt témák elvégzéséről az év végi jelentéseikben adnak számot, eredményeiket az intézmény kiadványaiban publikálják. A frissen megalakult MTA Veszprémi Akadémiai Bizottsága felismerte a Bakony-kutatás jelentőségét, és akadémiai kutatási témaként fogadta el a programot. 1982-ben indult útjára a múzeum önálló kiadványa, A Bakonyi Természettudományi Múzeum Közleményei, ettől kezdve a kutatás eredményei is elsősorban ebben a folyóiratban láttak napvilágot.
A kutatás kezdete óta évenként megjelentek a program résztvevőinek kutatási témái és időközönként a kutatás eredményeiről előadásokban is számot adtak a rendszeresen megrendezésre kerülő Bakony-kutató ankétokon. Ezeken a tudományos konferenciákon elhangzott előadások anyagai önálló kiadványban, vagy a múzeumi évkönyvek hasábjain lettek közzé téve. A programban részt vevő kutatók tevékenységeiről, a kutatási témákról rendszeresen jelentek meg cikkek dr. Papp Jenő, majd dr. Tóth Sándor tollából. Az első 25 év alatt 270 kutató vett részt a programban, létszámuk évente 50 és 70 között ingadozott. Ezt követően, főként az anyagiak hiánya miatt a résztvevők száma fokozatosan csökkent.
A múzeum dolgozói már az 1980-as évek vége felé szerették volna, ha a Bakonyi Természettudományi Múzeum gazdaságilag is önálló intézménnyé válik, erre 1992-ben került sor. Dr. Tóth Sándor nyugdíjba vonulásával a megalakult önálló múzeum igazgatója Futó János geológus lett. Az új igazgató irányítása alatt tovább folytatódott a Bakony-kutatás. Egyre inkább felmerült az igény, hogy minél részletesebb kutatási jelentéseket adjanak le a programban részt vevő kutatók, a dolgozatok a múzeum adattárában nyertek elhelyezést. 2002-ben Bauer Norbert és Kenyeres Zoltán szerkesztésében látott napvilágot a 40 éves „ A Bakony természeti képe” kutatási program című kötet. Ebben szerepelnek az 1962 és 2002 között a program keretében regisztrált Bakony-kutatók és vállalt témáik. A terepi arcképcsarnok gazdag fotóanyaggal illusztrálja az eltelt 40 év történéseit. A kiadvány végén a programba korán bekapcsolódó kutatók visszaemlékezéseit olvashatjuk. Ebben az évben már Kasper Ágota lett a múzeum új igazgatója, aki szintén elkötelezte magát a program folytatása mellett. A Bakony-kutatással megbízott muzeológus Kutasi Csaba lett. Mivel a Bakony-kutatásra fordítható források továbbra is szűkösek voltak, megpróbáltuk koncentrálni azokat. A kutatás finanszírozása hamarosan pályázati rendszerben folytatódott, a beadott pályázatokat a múzeum kutatóiból álló Tudományos Tanács bírálta el. Így kevesebb kutató, de nagyobb összeget kapott, amivel eredményesebb munkát tudott végezni. Prioritásként kezeltük az eddig még kevésbé kutatott területeket és taxonokat, valamint a múzeumi gyűjtemények gyarapodásával járó tevékenységeket. Sajnos egyre nehezebb feladat volt az intézmény költségvetéséből előteremteni a kutatóprogram költségeit. A megyei intézményeknél 2008-ban bevezetett kiskincstári rendszer tovább nehezített a helyzeten. Mindezek ellenére az utóbbi 10 évben 23 és 50 között ingadozott a regisztrált Bakony-kutatók száma, ebben az időszakban 31 új kutató jelentkezett a programba.
A Bakony-kutatás keretein belül az eltelt 50 év alatt 373 Bakony-kutató végzett vizsgálatokat a hegység területén. A kutatók csaknem fele zoológiával foglalkozott (45 %), ezt követte a geológiai és paleontológiai téma (32 %), majd a botanikai kutatás (18 %). A zoológiai témán belül a kutatók több mint fele (60 %) rovarokkal foglalkozott, gerinces állatokat pedig mintegy negyedük vizsgált (23 %). Az utóbbi néhány évben a múzeum már nem tudott anyagilag hozzájárulni a program résztvevőinek munkájához. Ennek ellenére a kutatók önzetlenül adtak le és határoztak gyűjteményi anyagokat, valamint gyűjtemény-rendezéseket is végeztek. A múzeum a Bakony-kutatók számára térítésmentes szálláslehetőséget biztosított a vendégszobában, továbbá a múzeumi évkönyvek és monográfiák átadásával és publikációs lehetőség biztosításával segítette további munkájukat.
A Bakony-kutatás sikerét bizonyítja, hogy zömmel a program eredményeiből 28 múzeumi évkönyv íródott és 31 monografikus kötet látott napvilágot. A program elismertségét bizonyítja az is, hogy hatására más vidéki múzeumokban is kutatóprogramok szerveződtek egy adott földrajzi terület természettudományos feltárására.